MARC

 008170601s2015        us          esm        001c    eng
■001MOKWON01255476
■00520170418121409
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■020    ▼a9781339111414
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI3726437
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■090    ▼a전자도서(박사논문)
■1001  ▼aZhu,  Xuan.
■24512▼aA  high-resolution  view  of  meiotic  recombination  initiation  in  Saccharomyces  cerevisiae▼h[electronic  resource]▼cZhu,  Xuan.
■260    ▼a[Sl]▼bWeill  Medical  College  of  Cornell  University▼c2015
■300    ▼a1  online  resource(157  p)
■500    ▼aSource:  Dissertation  Abstracts  International,  Volume:  77-02(E),  Section:  B.
■500    ▼aAdviser:  Scott  Keeney.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--Weill  Medical  College  of  Cornell  University,  2015.
■520    ▼aMeiotic  recombination  initiates  with  DNA  double-strand  breaks  (DSBs)  made  by  Spo11.  In  Saccharomyces  cerevisiae,  many  DSBs  occur  in  "hotspots"  coinciding  with  nucleosome-depleted  gene  promoters.  Transcription  factors  (TFs)  stimulate  DSB  formation  in  some  hotspots,  but  TF  roles  are  complex  and  variable  between  locations.  Until  now,  available  data  for  TF  effects  on  global  DSB  patterns  were  of  low  spatial  resolution  and  confined  to  a  single  TF.  Here,  I  examine  at  high  resolution  the  contributions  of  two  TFs  to  genome-wide  DSB  distributions:  Bas1,  which  was  known  to  regulate  DSB  activity  at  some  loci,  and  Ino4,  for  which  some  binding  sites  were  known  to  be  within  strong  DSB  hotspots.  I  examined  fine-scale  DSB  distributions  in  TF  mutant  strains  by  deep  sequencing  oligonucleotides  that  remain  covalently  bound  to  Spo11  as  a  byproduct  of  DSB  formation,  mapped  Bas1  and  Ino4  binding  sites  in  meiotic  cells,  and  evaluated  chromatin  structure  around  DSB  hotspots.  Our  findings  definitively  support  the  hypothesis  that  TF  control  of  DSB  numbers  is  context-dependent  and  frequently  indirect.  TFs  often  affected  the  fine-scale  distributions  of  DSBs  within  hotspots,  and  when  seen,  these  effects  paralleled  effects  on  local  chromatin  structure.  In  contrast,  changes  in  DSB  frequencies  in  hotspots  showed  no  obvious  correlation  with  quantitative  measures  of  chromatin  accessibility  or  of  histone  H3  lysine  4  trimethylation  levels.  I  also  ruled  out  hotspot  competition  as  a  major  source  of  indirect  TF  effects  on  DSB  distributions.  Thus,  counter  to  prevailing  models,  roles  of  these  TFs  on  DSB  hotspot  strength  cannot  be  simply  explained  via  chromatin  "openness",  histone  modification,  or  compensatory  interactions  between  adjacent  hotspots.
■520    ▼aIn  addition  to  TFs,  meiotic  DSB  formation  is  regulated  by  factors  involved  in  chromatin  structure  and  modifications.  The  effect  of  some  of  these  factors  on  DSB  landscape  has  been  examined  by  hybridizing  DSB-associated  DNAs  on  microarrays.  However,  the  DSB  maps  generated  by  microarrays  usually  have  relatively  low  resolution  and  high  background.  To  overcome  these  limitations,  I  generated  high-resolution  meiotic  DSB  maps  from  mutants  of  PCH2,  SIR2  and  SET1.  Analysis  of  these  maps  further  supports  the  view  that  the  global  DSB  landscape  is  shaped  by  a  hierarchical  combination  of  factors.
■590    ▼aSchool  code:  0967.
■650  4▼aBiology
■690    ▼a0306
■71020▼aWeill  Medical  College  of  Cornell  University▼bMolecular  Biology.
■7730  ▼tDissertation  Abstracts  International▼g77-02B(E).
■773    ▼tDissertation  Abstract  International
■790    ▼a0967
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2015
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T14491276▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.
■980    ▼a20170404▼f2017

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