MARC

 008200317s2019        ulk          s          00        eng
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■020    ▼a9781088301166
■040    ▼d225006
■08204▼a614
■090    ▼a전자도서(박사논문)
■24510▼aEvolutionary  Dynamics  of  Influenza  Virus  Across  Spatiotemporal  Scales.▼h[electronic  resource]▼c
■260    ▼a[S.l.]▼bUniversity  of  Washington.  ▼c2019
■260  1▼aAnn  Arbor▼bProQuest  Dissertations  &  Theses▼c2019
■300    ▼a1  online  resource(178  p.)
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  81-04,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Bloom,  Jesse  D.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--University  of  Washington,  2019.
■506    ▼aThis  item  must  not  be  sold  to  any  third  party  vendors.
■506    ▼aThis  item  must  not  be  added  to  any  third  party  search  indexes.
■520    ▼aRNA  viruses  like  influenza  mutate  rapidly  to  form  genetically  diverse  populations.  Recent  high-throughput  deep  sequencing  techniques  make  it  possible  to  track  influenza's  evolutionary  dynamics  at  high  resolution,  showing  how  viral  populations  diversify  and  adapt  in  just  days  or  weeks.  In  my  dissertation,  I  examine  how  influenza  viruses  evolve  across  different  spatiotemporal  scales.First,  I  characterize  a  cooperative  interaction  between  two  distinct  influenza  variants  that  differ  by  a  single  nucleotide  mutation.  In  cell  culture,  a  mixture  of  the  two  viral  variants  grows  to  higher  titers  than  either  variant  alone,  and  populations  maintain  an  equal  mixture  of  the  two  variants  through  several  passages.  Next,  I  show  that  this  mixture  of  cooperative  variants  arises  primarily  in  cell  culture  rather  than  in  clinical  samples.  This  work  provides  one  of  the  first  examples  of  a  specific  cooperative  interaction  between  RNA  viruses.In  the  rest  of  my  thesis,  I  focus  on  how  influenza  viruses  evolve  within  infected  hosts.  First,  I  characterize  influenza's  evolutionary  dynamics  within  chronically  infected  individuals.  In  multi-week  infections,  I  observe  extensive  parallelism  in  the  mutations  that  arise  within  and  between  hosts.  The  same  small  set  of  antigenic  variants  arises  recurrently  within  an  individual,  in  multiple  individuals  in  our  study,  and  in  the  global  influenza  population.  Next,  I  resolve  a  discrepancy  between  two  recent  estimates  of  how  much  genetic  diversity  is  present  within  acute  influenza  infections  and  what  proportion  of  this  genetic  diversity  is  transmitted.  I  identify  a  major  technical  issue  in  the  raw  sequencing  data  for  one  study  that  contributes  to  that  study's  estimate  of  high  genetic  diversity  and  a  large  transmission  bottleneck.  Altogether,  this  work  expands  our  understanding  of  the  evolutionary  forces  that  shape  viral  populations  across  multiple  spatiotemporal  scales.
■650  4▼aEvolution  &  development.
■650  4▼aVirology.
■650  4▼aGenetics.
■650  4▼aMicrobiology.
■650  4▼aPhysiology.
■650  4▼aMedicine.
■650  4▼aEpidemiology.
■650  4▼aMolecular  biology.
■650  4▼aImmunology.
■650  4▼aPublic  health.
■650  4▼aPathology.
■650  4▼aHealth  sciences.
■71020▼aUniversity  of  Washington▼bGenome  Sciences.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g81-04B.
■773    ▼tDissertation  Abstract  International
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2019
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T15491839▼nKERIS

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